Wkrótce Eymeric odzyskał urząd inkwizytora (być może już w 1361, z pewnością w 1365). Był przeciwnikiem popieranych przez dwór królewski nauk Rajmunda Lullusa (zm. 1315), dopatrując się w nich wielu herezji. Doprowadziło to do licznych konfliktów między nim a królem Piotrem IV, a potem jego następcą Janem I. Sojusznikiem króla był rywal Eymerica, inkwizytor Bernard Ermengaudi. Dwukrotnie (1376–1378 i 1393–1397) Eymeric musiał udawać się na wygnanie na dwór papieski w AwinionieLea, II, s. 170-176; Lea, III, s. 583-586; The Catholic Encyclopedia: Nicolas Eymeric [dostęp 9 grudnia 2012]..
Nicolas Eymeric był obecny w Rzymie podczas Konklawe w kwietniu 1378, które zapoczątkowało wielką schizmę zachodnią w Kościele katolickim. Eymeric zdecydowanie opowiedział się przeciwko legalności wyboru Urbana VI i pozostał gorącym zwolennikiem wybranego we wrześniu 1378 antypapieża Klemensa VIISede Vacante 1378; Depositio Eymeric, a później także jego następcy (od 1394) Benedykta XIII.
Nicolas Eymeric zmarł 4 stycznia 1399 w konwencie dominikańskim w Gironie, dokąd powrócił w 1397.