W pracy dotyczącej badań filogenetycznych żarłaczowatych na podstawie cech morfologicznych, opublikowanej w 1982 roku, Jack Garrick uznał na podstawie kształtu zębów, stosunków wielkości oraz rozmieszczenia płetw, że C. amboinensis tworzy klad z żarłaczem tępogłowym (C. leucas), siostrzany do kladu tworzonego przez C. melanopterus i C. cautus. W 1988 roku Leonard Compagno opierając się na fenetycznych badaniach potwierdził bliskie pokrewieństwo z C. leucas, lecz uznał te dwa gatunki za siostrzane do rodzajów Glyphis, Lamiopsis i Negaprion. W 2012 roku Tillett i inni za jego najbliższych krewnych uznali C. fitzeroyensis i C. sorrah. Z badań molekularnych, na podstawie czterech loci mitochondrialnych (COI, NADH-2, CytB, 16S RNA) oraz jednego locus jądrowego (Rag-1) wynika, że C. amboinensis nie jest gatunkiem siostrzanym żarłacza tępogłowego i w obrębie rodziny Carcharhinidae należy do osobnego kladu, blisko są z nim natomiast spokrewnione C. brachyurus i C. brevipinna.