W 1987 roku Córdoba został zawodnikiem innego stołecznego klubu, Independiente Santa Fe, gdzie od razu wywalczył sobie miejsce w wyjściowej jedenastce i został kluczowym graczem zespołu, tworząc skuteczny duet atakujących z Adolfo Valencią. W Santa Fe spędził ostatecznie kolejne siedem lat, jednak oprócz zdobycia krajowego pucharu – Copa Colombia – w 1989 roku nie odniósł większych sukcesów zarówno na arenie krajowej, jak i międzynarodowej. Kibice uznają go za jedną z klubowych legend; jest szóstym zawodnikiem pod względem liczby występów i dziesiątym, jeśli chodzi o liczbę zdobytych goli w barwach zespołu. W 1994 roku odszedł do ekipy Atlético Huila, w której występował przez półtora roku, po czym bez większych sukcesów reprezentował barwy najpierw Independiente Medellín, a później Deportivo Tuluá. Profesjonalną karierę zakończył w wieku 37 lat jako zawodnik Independiente Santa Fe. Podczas swojej gry w piłkę zdobył 153 gole (z czego 141 w pierwszej lidze kolumbijskiej) w 607 oficjalnych spotkaniach. Po zakończeniu kariery założył własną akademię piłkarską.