We wrześniu 1939 nie został zmobilizowany. Po wkroczeniu Armii Czerwonej do Polski przyłączył się do jednego z oddziałów Wojska Polskiego przechodzącego na Litwę i został internowany w Połądze. Następnie zbiegł z obozu i powrócił do Wilna. W konspiracji zajął się tworzeniem Narodowej Organizacji Wojskowej, współpracował ze „Słowem Narodowym” oraz „Narodowcem”. Świerzewski uczestniczył w procesie scalania NOW z AK, co nie zostało zgrane z władzami centralnymi SN. W działającej w Wilnie konspiracyjnej Radzie Wojewódzkiej, która była zalążkiem Okręgowej Delegaturze Rządu (ODR), Świerzewski był organizatorem i kierownikiem Wydziału Bezpieczeństwa, a potem kierownikiem Służby Ochrony Powstania AK. Był także zastępcą kierownika Wydziału Informacji i Prasy ODR. 23 października 1943 roku został aresztowany przez Gestapo. Z powodu braku dostatecznych dowodów działalności konspiracyjnej oraz zabiegów, udało się Świerzewskiego zakwalifikować do „przestępców kryminalnych”, którzy zostali zwolnieni z więzienia (20 kwietnia 1944) z okazji urodzin Hitlera. Musiał jednak wyjechać z Wilna do Warszawy. Tam kontynuował działalność konspiracyjną jako delegat SN do Rady Politycznej „NIE”.