Przy poparciu prezydenta Warszawy Stefana Starzyńskiego i dzięki ofiarności nauczycieli, którzy 10% pensji odkładali na fundusz budowy własnego gmachu szkolnego, w 1939 nabyto plac przy ul. Angorskiej na Saskiej Kępie. Budowę nowego gmachu przerwał wybuch wojny. Prowadzono wówczas tajne komplety, w których do 1944 uczestniczyło 270 uczniów (67 matur). Do 1944 roku dyrektorem był Czesław Jędraszko.
W 1949 władze oświatowe powołały VI Szkołę Ogólnokształcącą TPD (11 klas) i rozpoczęto budowę gmachu przy ul. Zwycięzców (zakończoną w 1951). W latach 1953–1954 wykonano charakterystyczne elewacje z geometrycznym ceglanym wątkiem.
W 1956 rozwiązano szkoły TPD, a w 1960 liceum otrzymało ponownie imię Bolesława Prusa. Przed budynkiem stanął w 1984 pomnik patrona autorstwa Stanisława Sikory.
W 2002 powstało trzyletnie liceum o nazwie XXXV Liceum Ogólnokształcące z Oddziałami Dwujęzycznymi.
W 2022 szkoła uhonorowana została Odznaka Honorowa „Zasłużony dla Mazowsza”.
Wieloletnimi dyrektorami szkoły byli Teodor Zubkiewicz (1952–1972) i Jan Strzelec (1982–2003).
Absolwenci