Wkrótce potem SD zidentyfikowała źródło przecieku z Watykanu po tym, jak służby kryptologiczne III Rzeszy (niem. Forschungsamt) odczytały zaszyfrowany telegram wysłany przez ambasadora Belgii przy Stolicy Apostolskiej Adriena Nieuwenhuysa do Brukseli z wiadomością o najbliższych działaniach Wehrmachtu na froncie zachodnim i agresji na Belgię, Holandię i Francję. Hitler zarządził śledztwo, które miała poprowadzić Abwehra, a Canaris sprawę powierzył Müllerowi(!). Dzięki kontaktom Müllera z Robertem Leiberem powstał plan Westlicher Wind (pol. Zachodni Wiatr), który miał na celu dezinformację władz niemieckich skąd, jak i gdzie nastąpił przeciek.
Müller został zaaresztowany przez Gestapo 5 kwietnia 1943 i w trakcie brutalnych przesłuchań nie przyznał się do jakichkolwiek związków ze spiskowcami antyhitlerowskimi. Początkowo został osadzony w obozie koncentracyjnym w Buchenwaldzie, a następnie był więźniem obozów w Flossenbürgu i Dachau. W końcowym okresie wojny przeniesiony do południowego Tyrolu na rozkaz Ernst Kaltenbrunnera, jako zakładnik wraz z ponad setką prominentnych więźniów, gdzie został uwolniony przez wojska amerykańskie.