Na początku lat 70. nowe władze partyjno-państwowe postanowiły przywrócić jednolity system ochrony granic państwowych z połowy lat 60. Z tego względu decyzją nr 104 Prezydium Rządu z 30 lipca 1971 r. Wojska Ochrony Pogranicza ponownie podporządkowano resortowi spraw wewnętrznych. Zarząd Kontroli Ruchu Granicznego został rozwiązany 1 stycznia 1972 r. na podstawie zarządzenia organizacyjnego nr 0100 ministra z 18 grudnia 1971 r., natomiast zarządzeniem organizacyjnym nr 027 ministra z 30 marca 1972 r. zlikwidowano jego struktury w KW MO (z dniem 1 kwietnia 1972 r.). Zadania zarządu w zakresie kontroli ruchu granicznego przejął WOP (a także częściowo Departament III MSW oraz Biuro Prewencji i Ruchu Drogowego KG MO), natomiast sprawy rejestracji cudzoziemców przeniesione zostały do właściwości Biura Paszportów i Dowodów Osobistych MSW (w latach 1975–1990 funkcjonującego pod nazwą Biuro Paszportów MSW).
Kierownictwo Dyrektor Zarządu Kontroli Ruchu Granicznego MSW: gen. bryg. Eugeniusz Dostojewski (1 sierpnia 1965 r. – 31 stycznia 1972 r.)