Latem 2011 roku Hušbauer przeszedł do Sparty Praga. W Sparcie zadebiutował 12 września 2011 w zwycięskim 4:1 domowym meczu z Viktorią Žižkov, w którym zdobył gola. W 2012 i 2013 roku został wicemistrzem kraju. W sezonie 2013/2014 został najlepszym strzelcem ligi, a Sparta wywalczyła dublet - mistrzostwo oraz Puchar Czech. W sezonie 2014/2015, także został wicemistrzem Czech.
W 2015 roku Hušbauer został wypożyczony ze Sparty do Cagliari Calcio. W Serie A zadebiutował 7 marca 2015 w przegranym 0:2 wyjazdowym meczu z Sampdorią. Na koniec sezonu 2014/2015 spadł z Cagliari do Serie B.
Latem 2015 Hušbauer wrócił do Sparty, a na początku 2016 odszedł do Slavii Praga. Zadebiutował w niej 13 lutego 2016 w wygranym 2:1 domowym meczu ze Zbrojovką Brno.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2007/08 FC Vysočina Jihlava
II liga 16 0 2008/09 Viktoria Žižkov
Gambrinus Liga 16 0 2009/10 Viktoria Žižkov
II liga 7 0 2009/10 1.