Twórczość Jan Eugenik jest autorem wielu opisów retorycznych (ekfraz). Do najlepszych należy Opis Trapezuntu (Ékphrasis Trapezúntos), w którym w uroczy sposób odmalowuje położenie miasta, jego budowle i znaczenie. Jan Eugenik pozostawił też opisy wyspy Imbros, Koryntu czy wsi Petrina koło Sparty na Peloponezie. Autor odznacza się niemałą wrażliwością na uroki przyrody. Z dużą plastycznością opisuje też malowidła przedstawiające ptaki, psy łowcze, drzewa czy ikony z wizerunkiem Matki Bożej.
Napisał też Przedmowę (Protheoriá) do Historii etiopskich (Ajthiopiká) Heliodora, jambiczny utwór poetycki Na ikonę Wielkiego Chryzostoma (Ejs ejkὸna tu megálu Chrysostὸmu) oraz monodię o upadku Konstantynopola (wydaną przez S. Lambrosa w 1908 roku w Atenach w Neos hellenomnenon).
Pozostawił również po sobie wiele pism teologicznych: hagiograficznych, ascetycznych, mistycznych (Ho pneumatikon pater to meizon schedon wydał w 1957 O. Lampsidès) i liturgicznych (hymnów i oficjów). Jego pisma dogmatyczne (przeciw dekretowi florenckiemu wydał patriarcha Dozyteusz w 1692 roku w Jassach, inne S.