W latach 1994–2009 kierował na opolskiej uczelni Zakładem Historii Krajów Europy Wschodniej, który w 2001 roku został przemianowany na Katedrę Historii Krajów Europy Środkowo-Wschodniej.
Dorobek naukowy Zainteresowania naukowe Jana Rzońcy koncentrują się wokół zagadnień związanych z: dziejami wewnętrznymi Rzeczypospolitej Polskiej w końcu XVI i I ćwierci XVII wieku, funkcjonowaniem polskiego parlamentaryzmu, procedurami obrad sejmowych, badaniami szlacheckiej opinii publicznej, stosunkami zewnętrznymi Rzeczypospolitej z państwami sąsiednimi, stosunkami wyznaniowymi w Rzeczypospolitej od XVI do XIX wieku, stosunkami polsko-rosyjskimi na przestrzeni XVI–XX wieku, dziejami Galicji w okresie rozbiorów ze szczególnym uwzględnieniem Sądecczyzny, Syberią w pamiętnikarstwie polskim XVIII–XX wieku. Jest autorem czterech prac zwartych i przeszło pięćdziesięciu artykułów i rozpraw, a ponadto redaktorem kilku prac zbiorowych. Uczestniczył w kilkudziesięciu krajowych, międzynarodowych i zagranicznych konferencji naukowych. Wypromował 5 doktorów i przeszło 200 magistrów. Jest autorem blisko 180 publikacji naukowych. Do jego najważniejszych prac należą: Sejmy z lat 1597 i 1598, część 1: Bezowocny sejm z 1597 roku, Warszawa–Wrocław 1989, Rzeczpospolita Polska w latach 1596–1599.