W okresie pracy w archiwum w Janovicach pisał prace poświęcone właścicielom majątku w Janovicach i fabrykantom z rodziny Kleinów. Jego największym osiągnięciem była publikacja Listináře Těšínska (Kodeksu dyplomatycznego księstwa cieszyńskiego). Przy tym przedsięwzięciu współpracował z Emmerichem Němcem. Po jego śmierci sam doprowadził pracę do końca. Erich Šefčík zajmował się także numizmatyką, sfragistyką i falerystyką. Najważniejszą jego pracą na tym polu były Pečeti těšínských Piastovců. Publikował także na łamach Folia numismatica, Numismatický dopis i Slezský numismatik. Interesował się również biografistyką. Napisał biogramy niektórych książąt górnośląskich (opublikowane w książce Książęta i księżne Górnego Śląska, pod redakcją Antoniego Barciaka, Katowice 1995) oraz ponad 70 biogramów muzealników i innych Ślązaków.