W latach 1759–1761 metropolita Paweł utworzył w swojej eparchii piętnaście łacińskich szkół podstawowych oraz kilkanaście niższych szkół, w których językiem wykładowym był rosyjski. W 1767, z powodu braku wykształconych nauczycieli mogących nauczać w szkołach łacińskich, hierarcha był zmuszony przekształcić wszystkie szkoły łacińskie w rosyjskie. Wcześniej, w latach 1764–1765, zreformował seminarium duchowne w Tobolsku, ratując je tym samym przed likwidacją, którą z uwagi na kłopoty finansowe szkoły sugerowali jego poprzednicy. Metropolita sprowadził do szkoły wykładowców z Kijowa. Metropolita Paweł pozostawał w konflikcie z gubernatorem tobolskim Cziczerinem. Surowo traktował również podległe mu duchowieństwo. Sprzeciw Pawła wobec planów sekularyzacji majątku cerkiewnego (choć mniej zdecydowany, niż sądzono dawniej) oraz skargi kapłanów zarzucające mu zbytni despotyzm w stosunku do podwładnych sprawiły, że w 1767 metropolita został wezwany do Petersburga w celu złożenia zeznań przed Świątobliwym Synodem Rządzącym. Caryca zamierzała początkowo doprowadzić do odebrania mu godności biskupiej, ostatecznie jednak zmieniła zdanie i była nawet skłonna nakazać mu powrót do Tobolska. Metropolita zrezygnował jednak z katedry i poprosił o zgodę na powrót do ławry Pieczerskiej.