28 grudnia 2011 roku, porzucając Partię Republikańską, zgłosił swoją kandydaturę do prezydenckiej nominacji z ramienia Partii Libertariańskiejhttp://politicalticker.blogs.cnn.com/2011/12/28/liberated-gary-johnson-seeks-libertarian-nomination/ . Na konwencji partyjnej uzyskał nominację, otrzymawszy 419 głosów. Na drugim miejscu znalazł się R. Lee Wrights ze 152 głosamihttps://www.ballot-access.org/2012/05/gary-johnson-nominated-by-libertarian-party-on-first-ballot/ . W czasie wyborów prezydenckich zdobył 1 275 923 głosy (0,99%). U jego boku kandydatem na wiceprezydenta był James P. Gray.
29 maja 2016 roku, podczas konwencji w Orlando, ponownie otrzymał prezydencką nominację Partii Libertariańskiej, uzyskując 55,8% głosów w drugim głosowaniu. W wyborach powszechnych uzyskał 4 489 235 głosów wyborców (3,3%), głównie osób z najmłodszych grup wiekowych.
Kandydował w wyborach do Senatu w 2018 z ramienia Partii Libertariańskiej. Zdobył 15,4% głosów, przegrywając z kandydatem demokratów Martinem Heinrichem.
Życie prywatne W 1977 roku ożenił się z Denise Simms, z którą ma dwójkę dzieci – córkę Leah oraz syna Erika, obecnie dorosłych. W 2005 Johnson wystąpił o rozwód.