Historia Do 16 września 1943 roku rękopis był przechowywany w bibliotece przykościelnej kościoła św. Marii Magdaleny posiadając sygnaturę M1138. Wtedy w obawie przed bombardowaniami najcenniejsze zbiory rękopiśmienne zostały zapakowane w 100 skrzyń i ewakuowane do pałacu w Ramułtowicach (ówczesny Ramfeld). Mszał magdaleński był jednym z jedenastu dokumentów, które umieszczono w skrzyni nr 33 i przechowywano w pałacowym salonie muzycznym. Choć skrzynia ta nie posiadała oznak plądrowania po wojnie okazało się, że zawiera ona tylko osiem rękopisów zamiast jedenastu. Jednym z zaginionych rękopisów był Mszał magdaleński.
Mszał magdaleński wypłynął w nowojorskim domu aukcyjnym Bloomsbury gdzie miał się pojawić na aukcji 4 kwietnia 2009 roku (Important Printed Books & Manuscripts, poz. kat. 14). Zaoferowany do sprzedaży manuskrypt został szeroko rozreklamowany jako najcenniejszy i zarazem najdroższy zabytek (wartość około 60-80 tys. USD). Rękopis został jednak zauważony przez bibliofila i kolekcjonera dra Henryka Teisseryre, który otrzymał katalog aukcyjny tego domu. Zawiadomił on Biblioteką Narodową oraz Biblioteką Uniwersytecką we Wrocławiu o dokumencie mającym się znaleźć na aukcji.