Do drugiej ligi powrócił przed fazą Invierno 2002 wskutek zakupu licencji drużyny Gallos de Aguascalientes, pełniącej filię pierwszoligowego Club Necaxa, który właśnie przeniósł się ze stołecznego miasta Meksyk do Aguascalientes. W sezonie Verano 2003 ekipa ponownie dotarła do dwumeczu finałowego drugiej ligi, tym razem przegrywając w nim z Leónem. Przed sezonem 2004/2005, wskutek słabej postawy sportowej Tapatío, zarząd Chivas de Guadalajara zdecydował się przenieść jego siedzibę do miasta La Piedad i zmienić nazwę na Chivas La Piedad. W rozgrywkach 2005/2006 drużyna występowała za to w mieście Tepic pod nazwą Chivas Coras Tepic. Do nazwy Tapatío i miasta Guadalajara klub powrócił przed sezonem 2006/2007. Został rozwiązany w dniu 22 maja 2009, kiedy to sprzedał licencję innej drużynie z tego samego miasta, Universidadowi de Guadalajara, wskutek zmiany formatu drugiej ligi przez Meksykański Związek Piłki Nożnej, polegającej między innymi na zmniejszeniu liczby zespołów występującej w niej.