Projektowanie permakulturowe podkreśla wzorce krajobrazu, funkcje i powiązania między gatunkami. Zadaje pytanie: „Gdzie jest miejsce tego elementu? Jak można go umiejscowić z największą korzyścią dla systemu?” Aby odpowiedzieć na to pytanie, główną koncepcją permakultury jest zmaksymalizowanie korzystnych połączeń pomiędzy składowymi i synergia ostatecznego projektu. Permakultura nie skupia się na pojedynczych elementach, ale na powiązaniach stworzonych pomiędzy składnikami poprzez sposób ich zakomponowania; całość staje się istotniejsza, niż pojedyncze składniki. Projektowanie systemów permakultury ma na celu redukcję odpadów, pracy ludzkiej i wkładu energii, poprzez budowę systemów ze zmaksymalizowanymi korzyściami, wypływającymi z połączeń między elementami, aby osiągnąć wysoki poziom synergii. Projektowanie permakulturowe zmienia się w czasie ze względu na związki poszczególnych elementów, stając się złożonym systemem, produkującym żywność i materiały na małej przestrzeni, przy minimalnym wkładzie pracy.
Permakultura jest wyłącznie systemem projektowania i jako taka może być użyta wszędzie, gdzie wymagane jest projektowanie.