Ruiny bazyliki pozostawały nieuporządkowane aż do początku XX wieku. W roku 1922 podczas wojny grecko-tureckiej greccy archeolodzy przeszukali wzgórze wraz z bazyliką św. Jana. Prace te dowiodły wczesnego kultu jakim otaczano w tym miejscu Jana Ewangelistę. Nie przyniosło to jednak postępu w uporządkowaniu ruiny. Dopiero w połowie XX wieku prace na wzgórzu podjęła austriacka misja archeologiczna. Uporządkowano ruinę i odbudowano konfesję św. Jana. Wkrótce potem miejsce to odwiedził papież Paweł VI potwierdzając jego znaczenie dla chrześcijan. Prace prowadzone w ostatnich latach dzięki wsparciu religijnej fundacji z Limy (Ohio, USA) doprowadziły do odbudowy części kolumn i murów bazyliki, dając wyobrażenie ogromu świątyni istniejącej w czasach bizantyjskich.