W czasach późniejszych ustanowione zostało osobne probostwo przy tym kościele, które w XVII i XVIII wieku piastowali proboszczowie chełmińscy.
W 1828 roku wraz z rozebraniem starych zabudowań szpitalnych, również kościół Ducha Świętego przestał służyć celom liturgicznym. Był zamieniony m.in. na skład wojskowy. Funkcji liturgicznej został przywrócony dopiero po zakończeniu prac remontowych, tuż przed wybuchem II wojny światowej. Kolejnego, gruntownego remontu doczekał się w 1993 roku, kiedy to położono nowy dach i wymieniono strop. Od 2003 roku swoją ekspozycję urządzili w kościele rycerze z Chorągwi Ziemi Chełmińskiej.
Każdego roku jest tu odprawiana msza święta w uroczystość Zesłania Ducha Świętego.
Architektura i wnętrze kościoła left|thumb|Wnętrze kościoła św. Ducha Budowla prostokątna o długości 30 metrów i szerokości 9,1 metra, salowa, poprzedzona od zachodu wieżą na osi. Korpus wydłużony, przekryty dachem dwuspadowym, wewnątrz sklepiony drewnianą kolebką. Ostrołukowe okna w elewacji północnej są rozmieszczone regularnie w elewacji południowej a zgrupowane w części wschodniej. Na elewacji tej widoczne liczne otwory maculcowe, ślady przemurowań i zamurowane otwory po belkach stropowych, świadczące o istnieniu tu niegdyś przylegających do kościoła zabudowań.