W 2008 został trenerem technicznym niemieckiego Hamburgera SV. 27 kwietnia 2010 objął stanowisko trenera tego zespołu. W Bundeslidze zadebiutował 1 maja 2010 w wygranym 4:0 spotkaniu z 1. FC Nürnberg. Oprócz tego, drużynę HSV poprowadził jeszcze w jednym meczu Bundesligi, a także jednym w Lidze Europy. Po zakończeniu sezonu 2009/2010 przestał być szkoleniowcem Hamburgera SV.
W 2010 został trenerem osobistym w austriackim Red Bull Salzburg, a w kwietniu 2011 pierwszym trenerem tego zespołu. W tym samym roku wywalczył z nim wicemistrzostwo Austrii, a w 2012 roku mistrzostwo Austrii. W Red Bullu pracował do końca sezonu 2011/2012.
W 2012 objął stanowisko szkoleniowca węgierskiego Ferencvárosi TC, które pełnił do 1 grudnia 2013.
Od 27 marca do 4 czerwca 2014 roku, był trenerem Lechii Gdańsk i zajął z nią 4.