Następnie Berger prowadził drugoligowy KSV Hessen Kassel. W trakcie pracy dla tego klubu przeżył próbę otrucia przez agentów Stasi, przez których był prześladowany po ucieczce z NRD. W 1986 roku, od stycznia do marca trenował pierwszoligowy Hannover 96. Potem był szkoleniowcem drugoligowego klubu SC Freiburg.
W grudniu 1988 roku Berger wrócił do Bundesligi, zostając trenerem Eintrachtu Frankfurt. W 1990 roku zajął z nim 3. miejsce w lidze, które jednocześnie było jego najwyższym w karierze. Jego kolejnym klubem były inne pierwszoligowe drużyny, 1. FC Köln oraz FC Schalke 04, z którym powtórzył osiągnięcie 3. miejsca w Bundeslidze. Schalke trenował do października 1986 roku.
Następnie prowadził szwajcarski FC Basel, Karlsruher SC, z którym w 1998 roku spadł z Bundesligi do 2. Bundesligi, Eintracht Frankfurt oraz turecki Bursaspor. W 2001 roku trafił do drugoligowej Alemannii Akwizgran. W 2004 roku dotarł z nią do finału Pucharu Niemiec, w którym Alemannia przegrała jednak 2:3 z Werderem Brema.