Zadania Fertlizers Europe zajmuje się promocją, ochroną i reprezentowaniem poszczególnych członków w ramach Unii Europejskiej. Jednym z celów działania organizacji jest edukacja i rozwiązywanie wszelkich problemów związanych z produkcją oraz stosowaniem nawozów, które mogą mieć wpływ na zdrowie mieszkańców Unii Europejskiej i środowisko naturalne. Fertilizers Europe zajmuje się dbaniem o interesy całego unijnego rynku nawozowego.
Organizacja odpowiada również za kontakt z innymi podmiotami i instytucjami międzynarodowymi.
Struktura Walne zgromadzenie Najwyższym organem władzy w Fertlizers Europe jest walne zgromadzenie. Zgromadzenie ogólne odbywa raz w roku i biorą w nim udział przedstawiciele wszystkich firm członkowskich i stowarzyszeń, wchodzących w skład organizacji. Walne zgromadzenie zatwierdza budżet i ustala strategię działań..
Zarząd Zarząd składa się z przedstawicieli wszystkich firm członkowskich i spotyka się dwa razy w roku. Zatwierdza plan pracy i nadzoruje pracę komitetu wykonawczego zarządu.
Komitet wykonawczy zarządu Komitet wykonawczy zarządu składa się ze specjalnie wyznaczonych przedstawicieli wysokiego szczebla, reprezentujących firmy członkowskie.