Tu się wszystko zaczęło, [w:] Stacja7 [dostęp 8 grudnia 2018] i około 200 ich podopiecznych, które skierowano do jednego z obozów koncentracyjnych; jedna zakonnica została zastrzelona na miejscu za odmowę opuszczenia klasztoru. Wkrótce potem kompleks został celowo spalony przez Niemców. Kościół stracił całe drewniane i metalowe wyposażenie włącznie z dachem; zostały osmalone, częściowo uszkodzone drewniane murypor. Google Earth maska na grudzień 1945.
Ruina mały|lewo|Nawa wschodnia Po wojnie poklasztorny kompleks przez całe dekady pozostawał ogrodzoną ruiną z na pół zburzonymi budynkami, prowizorycznymi drewnianymi baraczkami i zwałami gruzów; stan niektórych konstrukcji pogorszył się, gdy okoliczni mieszkańcy na własną rękę szukali nadających się do ponownego użytku cegieł. Kiedy Siostrom Miłosierdzia udało się odzyskać własność, skoncentrowały się one na odbudowie głównego budynku klasztornego i oddziału dla dziewcząt. Ponieważ władze odmówiły pozwolenia na odbudowę kościołaW niedzielę konsekracja kościoła na Żytniej, [w:] Archidiecezja Warszawska 20.04.2017 [dostęp 8 grudnia 2018], siostry zaadaptowały jedno z większych pomieszczeń w odbudowanym klasztorze jako nową kaplicęRemigiusz Malinowski, Żytnią do nieba, [w:] Niedziela 17 (2006) [dostęp 8 grudnia 2018].