Kaplica przeszła poważną przebudowę w latach 1936–1938do roku 1939 kompleks nadal służył jako ośrodek wychowaczo-korekcyjny dla nieletnich, prowadzony przez Zakon ale podlegający pod ogólny nadzór sądów dla młodocianych; był jedną z 8 tego typu placówek w Polsce, Stanisław Lipiński, Historia resocjalizacji nieletnich, [w:] Jacek Błeszyński, Ditta Baczała, Józef Binnebesel (red.), Historyczne dyskursy nad pedagogiką specjalną, Łódź 2008, , p. 251. Główna nawa została wydłużona o kilka metrów, wzdłuż ściany zachodniej dodano nawę boczną, prezbiterium zostało poszerzone, a przy rogu południowo-zachodnim zbudowano dzwonnicę; kaplica zmieniła się w niewielki kościół i tak też wspominana jest w niektórych źródłachMróz 2000, s. 29. mały|160px|Tablica upamiętniająca ks. Potocką W czasie bitwy o Warszawę w roku 1939 siostry zajmowały się rannymi żołnierzamiTomasz Urzykowski, Po przebudowie kościoła żal osmalonych ścian, [w:] Gazeta Wyborcza 23.04.2017 [dostęp 8 grudnia 2018]. Podczas okupacji kompleks nadal służył oryginalnym celom i odmiennie niż w przypadku wielu innych zakonów, Niemcy nie eksmitowali sióstr. Od roku 1940 budynki znalazły się w bezpośrednim sąsiedztwie muru getta;