Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Portugalii Peixe zadebiutował 12 października 1991 roku w zremisowanym 1:1 towarzyskim meczu z Luksemburgiem, rozegranym w Luksemburgu. W 1996 roku zagrał na Igrzyskach Olimpijskich w Atlancie, na których zajął z Portugalią 4. miejsce. W swojej karierze grał też w: eliminacjach do Euro 92 i do MŚ 1994. Od 1991 do 1993 roku rozegrał w kadrze narodowej 12 meczów.
Peixe grał również w młodzieżowych reprezentacjach. W 1991 roku zagrał na Mistrzostwach Świata U-20, które Portugalczycy wygrali. Został wówczas wybrany najlepszym piłkarzem tego turnieju i otrzymał Złotą Piłkę.
Mecze i gole w reprezentacji # Data Stadion Rywal Wynik Gol Rozgrywki1991 1. 12.10.1991 Luksemburg, Luksemburg 1:1 0 towarzyski 2. 16.10.1991 Rotterdam, Holandia 0:1 0 el. ME 1992 3. 20.11.1991 Lizbona, Portugalia 1:0 0 el. ME 19921992 4. 15.01.1992 Torres Novas, Portugalia 0:0 0 towarzyski 5. 12.02.1992 Faro, Portugalia 2:0 0 towarzyski 6. 31.05.1992 New Heaven, Stany Zjednoczone 0:0 0 USA Cup 1992 7. 03.06.1992 Chicago, Stany Zjednoczone 0:1 0 USA Cup 1992 8. 02.09.1992 Linz, Austria 1:1 0 towarzyski 9. 11.11.1992 Saint-Ouen, Francja 2:1 0 towarzyski1993 10. 10.02.1993 Faro, Portugalia 1:1 0 towarzyski 11. 31.03.1993 Berno, Szwajcaria 1:1 0 el. MŚ 1994 12. 13.10.1993 Porto, Portugalia 1:0 0 el.