W latach 1998 i 1999 ponownie zwyciężał w klasyfikacji zdobytych home runów (odpowiednio 54 i 48). Rok do końca kontraktu, a także sposobność bycia razem z żoną Mellisą, synem i córką, którzy mieszkali w Orlando, spowodowały jednak, iż Griffey zażądał transferu, a tak zwana klauzula Ten And Five Rights (10 lat w jednym klubie i rozegrane w nim 5 sezonów z rzędu) pozwalała mu na odrzucenie każdej oferty. Według czasopisma Sports Illustrated Griffey Jr. miał przedstawić generalnemu menadżerowi Mariners Patowi Gillickowi listę czterech klubów, do których chciałby odejść (Atlanta Braves, Houston Astros, New York Mets oraz Cincinnati Reds. Ostatecznie doszło do porozumienia z klubem z Cincinnati.
W lutym 2000 roku przeszedł w ramach wymiany do klubu ze swojego rodzinnego miasta Cincinnati Reds, z którym podpisał dziewięcioletni kontrakt wart 116 milionów dolarów. 22 czerwca 2007 roku przed rozpoczęciem pierwszego meczu między ligowego pomiędzy Reds a Mariners rozgrywanym w Seattle, Griffey Jr. został przywitany przez kibiców Mariners brawami. W czerwcu 2008 w wyjazdowym meczu przeciwko Florida Marlins zdobył 600. home runa w karierze. Pod koniec lipca 2008 roku przeszedł do Chicago White Sox.