W styczniu 1993 Hernández podjął samodzielną pracę trenerską, zastępując Mejíę Baróna na stanowisku pierwszego trenera klubu CF Monterrey, gdzie wcześniej pełnił rołę asystenta. Na koniec swojego debiutanckiego sezonu 1992/1993 zdobył z tą ekipą tytuł wicemistrza Meksyku, w finałowym dwumeczu fazy play-off ulegając drużynie Atlante łącznym wynikiem 0:4 (0:1, 0:3). W 1993 roku triumfował także z Monterrey w rozgrywkach Pucharu Zdobywców Pucharów CONCACAF. Został zwolniony w lutym 1994 po ośmiu ligowych meczach bez zwycięstwa, bezpośrednio po porażce 0:7 z Necaxą. Szybko został ściągnięty przez Ferrettiego do prowadzonego przez niego klubu Chivas de Guadalajara w roli asystenta. W sezonie Verano 1997 zdobył z tym klubem mistrzostwo Meksyku, za to podczas rozgrywek Invierno 1998 tytuł wicemistrzowski. Po odejściu Brazylijczyka, w lipcu 2000 na krótko został pierwszym szkoleniowcem Chivas, jednak w pięciu meczach nie odniósł ani jednego zwycięstwa i został zastąpiony przez Jesúsa Bracamontesa.