Atanazy wziął udział w synodzie blacherneńskim w 1285 r. W 1289 r. z woli cesarza. Andronika II Paleologa został wyniesiony na stolicę patriarszą Konstantynopola. Jako patriarcha, zadziwił wszystkich głęboką ascezą i długimi nocnymi czuwaniami. „...Spał na gołej ziemi, nie mył nóg, zawsze chodził na piechotę, i miał charakter, którym odznaczają się tylko ludzie mieszkający w górach i jaskiniach...”. Uważając, że życie społeczne powinno się stosować do nakazów Ewangelii, Atanazy surowo ganił obyczaje i porządki panujące w stolicy, domagał się przywrócenia dyscypliny w Kościele, nakazywał biskupom, którzy opuścili swoich wiernych i prowadzili życie w Konstantynopolu, powrót do swoich diecezji. Działalność Atanazego wywołała niezadowolenie ludności Konstantynopola i duchowieństwa, które zmusiło patriarchę 16 października 1293 r. do zrzeczenia się urzędu i udania się do stołecznego klasztoru Ksirolof. Opuszczając katedrę patriarszą, Atanazy napisał ekskomunikę na rodzinę cesarską, biskupów, duchowieństwo i zwykłych ludzi i umieścił ją w szparze ściany katedry Hagia Sophia.