W 1700 patriarcha moskiewski i całej Rusi Adrian zgodził się na odebranie klasztorowi statusu stauropigialnego i podporządkowanie go metropolicie kijowskiemu. W czasie wojny północnej Monaster Międzygórski, wbrew stanowisku hetmana kozackiego Iwana Mazepy, poparł Rosję i cara Piotra I. W 1709 car ponownie nadał monasterowi status stauropigii, decydując także, by jego przełożeni nosili godność archimandrytów.
W Imperium Rosyjskim Po likwidacji Siczy zaporoskiej przez carycę Katarzynę II Monaster Międzygórski stracił ekonomiczne podstawy funkcjonowania. W 1787, na kilka dni przed planowaną wizytą carycy w monasterze, budynki klasztorne uległy zniszczeniu wskutek pożaru, być może wywołanego przez samych mnichów, nie mogących pogodzić się z decyzją carycy o planowanym przeniesieniu monasteru na Krym. W momencie zniszczenia kompleks monasterski składał się z pięciu świątyń: murowanego soboru Przemienienia Pańskiego i nadbramnej cerkwi św. św. Piotra i Pawła oraz drewnianych cerkwi Św. Ducha, Zwiastowania i św. Mikołaja. Klasztor dysponował także bogatą biblioteką z rękopisami w językach ruskim, polskim i łacińskim oraz kompleksem budynków mieszkalnych i gospodarczych. Od 1801 jedna ze świątyń monasteru pełniła funkcje cerkwi parafialnej.