Wdrażając postanowienia Świątobliwego Synodu Rządzącego o zakazie kultu nierozłożonych szczątków osób uznawanych przez wiernych za święte bez decyzji o kanonizacji, nakazał pogrzebanie takich relikwii przechowywanych w kijowskich cerkwiach.
Był przeciwnikiem arcybiskupa Teofana Prokopowicza; jego pozycja w hierarchii Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego znacznie spadła po usunięciu ze stanu duchownego arcybiskupa nowogrodzkiego Teodozjusza, który był wcześniej jego protektorem. W 1730 Teofan posłużył się donosem mieszczan kijowskich, by oskarżyć arcybiskupa Warłaama o uchylenie się od odprawienia nabożeństw dziękczynnych z okazji wstąpienia na tron carycy Anny Iwanowny. W rezultacie arcybiskup kijowski został pozbawiony urzędu i godności biskupiej i skierowany do Monasteru św. Cyryla Biełozierskiego. Od 1737 miał jedynie prawo do pensji w wysokości 20 rubli rocznie, przy czym fundusze te pochodziły ze sprzedanego wcześniej majątku hierarchy. W 1740 ukazem carskim Warłaam (Wonatowicz) odzyskał godność biskupią, zaś w roku następnym – część skonfiskowanego majątku. Duchowny odmówił jednak zamieszkania w Moskwie i do końca życia przebywał, jako biskup senior, w monasterze Zaśnięcia Matki Bożej w Tichwinie.