W 1991 r., razem z czechosłowackim szpiegiem Josefem Frolíkiem, napisał książkę (Střílející abatyše, 1991). Przygotował także korektę pamiętników Frolika.
Powrót do ojczyzny W 1989 r. Jan Beneš przyjechał do Czechosłowacji. Pisał i redagował teksty do magazynu Nový Polygon, publikował zarówno swoje starsze teksty, jak i nowe książki (Svoboda nechodí v rudém šatě, 1995). Wydał pamiętnik Indolence (1992), w którym opisał okoliczności swojego skazania w 1967 r., jednocześnie krytycznie odniósł się do realiów okresu reżimu komunistycznego. Opublikował książkę z gatunku literatury faktu, w której opisał historię Komunistycznej Partii Związku Radzieckiego pod tytułem Čas voněl snem (2004). Poza działalnością publicystyczną był zaangażowany w Konfederację Więźniów Politycznych Republiki Czeskiej, stowarzyszenie byłych więźniów politycznych. W 1990 r. został sądownie zrehabilitowany, w 1994 r. wrócił na stałe do Czech. W 2007 r.