22 lipca 1994 roku prezydent Borys Jelcyn zakazał specjalnym dekretem działalności parabankowej, a 4 sierpnia Mawrodi został aresztowany za oszustwa podatkowe, ale we wrześniu zarejestrował się w jednym z moskiewskich okręgów wyborczych jako kandydat do Dumy w wyborach uzupełniających. Wkrótce potem został zwolniony z więzienia, a 30 października został wybrany do parlamentu. Rok później, 6 października 1995 roku, Duma Państwowa uchyliła mu immunitet i usunęła go ze składu parlamentu. W 1996 roku Mawrodi kandydował jeszcze na prezydenta Rosji, ale Centralna Komisja Wyborcza odmówiła mu rejestracji jego kandydatury.

W 1997 roku jego piramida finansowa oficjalnie ogłosiła bankructwo.

31 stycznia 2003 roku został aresztowany w Moskwie, przy okazji aresztowania stwierdzono, że posługiwał się fałszywymi dokumentami na nazwisko Jurij Zajcew. 2 grudnia został skazany na 13 miesięcy więzienia za posługiwanie się fałszywymi dokumentami, a wkrótce po tym postawiono mu zarzuty oszustw finansowych.