Konsulat w Gdańsku powołano dopiero po podpisaniu w 1926 przez rządy RP i ZSRR umowy konsularnejW tym okresie stosunki zagraniczne WMG prowadziło polskie MSZ., z siedzibą ponownie przy ul. Langgarten 74. Placówka funkcjonowała tamże aż do wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej 22 czerwca 1941, później władze miejscowe przeznaczyły budynek na siedzibę Krajowego Urzędu ds. Prehistorii (Landesamt für Vorgeschichte) oraz Okręgowego Muzeum Prehistorycznego (Gaumuseum für Vorgeschichte). Budynek został spalony prawdopodobnie w marcu 1945 i obecnie nie istnieje.
W 1928 władze ZSRR planowały otwarcie konsulatu wraz z oddziałem przedstawicielstwa handlowego w GdyniGazeta Handlowa z 13 lipca 1928., do czego jednak nie doszło.
Po 1945 Po II wojnie światowej, w 1945, ponownie otwarto konsulat generalny ZSRR w Gdańsku. W latach 1945–1946 mieścił w budynku przy ul. Matki Polki 10, któremu później zmieniono adres na ul. Batorego 15, oraz przy ul. Konopnickiej 3.
W latach 1971–1993 w konsulacie mieściła się miejscowa komórka Grupy Operacyjnej KGB „Narew”.