(niem. Wohin mit den russischen Juden / Syrien ein Zufluchtsort der Juden russischen?). We wrześniu 1891 roku wystosował odezwę do stworzenia światowej organizacji Chowewej Syjon (Syjoniści z wszystkich krajów łączcie się!, niem. Aller Länder Zionisten Euch vereinigt!). W tym celu nawiązał kontakty z grupami Chowewej Syjon w Berlinie, Wiedniu, Londynie i Paryżu. W lutym 1892 roku poznał Dawida Wolffsohna. Wspólnie założyli w 1893 roku Stowarzyszenie Kolonizacyjne na rzecz promocji rolnictwa i rzemiosła w Palestynie (niem. Kölner Verein zur Förderung von Ackerbau und Handwerk in Palästina). Rok później założyli Syjonistyczne Stowarzyszenie Niemiec (niem. Zionistische Vereinigung für Deutschland). W 1896 roku poślubił Rosę Dalberg, z którą miał troje dzieci.
Gdy w lutym 1896 roku Theodor Herzl opublikował swoją słynną książkę Państwo żydowskie (niem. Der Judenstaat), Bodenheimer rozpoczął z nim korespondencję, i bardzo szybko dołączył do nowo tworzonego ruchu syjonistycznego. W sierpniu 1897 roku wziął udział w Pierwszym Kongresie Syjonistycznym w Bazylei. Bodenheimer został wybrany członkiem Komitetu Wykonawczego, który przygotował tekst „programu bazylejskiego”. Funkcję tę pełnił do 1921 roku.