Guerra został również uhonorowany Latino Special Award przez Music Academy of Spain za wkład do muzyki swego kraju i Karaibów w ciągu ostatnich 20 lat. W styczniu 2006 roku artysta dał koncert w 60. rocznicę Berklee College of Music, na który zaprosił między innymi Paula Simona, Herbie Hancocka, Michela Camilo i Chiara Civello. W tym samym roku nagrywał gościnnie z Diego Torresem i z zespołem Mana. Został również zaproszony przez Stinga do śpiewania razem z nim na koncercie w Altos de Chavón w La Romana. W 2007 roku na gali Premio Lo Nuestro Awards, otrzymał honorową nagrodę za całokształt twórczości. 6 kwietnia 2006 roku w czasie BMI Latin Awards, Juan Luis Guerra został uhonorowany tytułem Ikony BMI. W 2007 roku na Latin Grammy Awards zdobył 5 nagród (nominowany był każdej kategorii) za płytę roku, album roku, piosenka roku, najlepszy utwór tropikalny oraz najlepszy album merengue. Otrzymał również nagrodę Person of the Year Award za zasługi dla muzyki latynoskiej i za działalność filantropijną.