Kontrowersje pomiędzy proboszczami o przynależność parafialną wsi ciągnęły się latami, podczas wizytacji z 1598 zanotowano, że o zwierzchnictwo nad Pisarami spierali się plebani z Rudawy i PaczółtowicMarian Kornecki Sztuka sakralna, Kraków 1993, wyd. Zarząd Zespołu Jurajskich Parków Krajobrazowych w Krakowie s. 19. Potem wieś była w posiadaniu rodziny Łaszczów, a od 1627 r. krakowskiego kupca Melchiora Gerstmana. W 1630 r. Agnieszka Tęczyńska-Firlejowa przekazała wieś klasztorowi w Czernej. Miejscowa parafia miała w swym okręgu parafialnym również wsie Dębnik – ta osada kamieniarska powstała na paczółtowickich polach, oraz Pisary. Z testamentu dębnickiego kamieniarza Adama Negowicza z 1680 r. wynika, że duży majątek podarował plebanowi paczółtowickiemu, czemu ostro sprzeciwił się przeor klasztoru w Czernej o. Kryzus. Wtargnął on do domu zmarłego, pozabierał dobytek i efekcie doszło do gorszącego wieloletniego procesu. W XVII w. we wsi stał młyn, a pokłady gliny wykorzystywali do produkcji miejscowi garncarze. W 1791 r. we wsi było 516 osób, a w 1900 ok. 850Osadnictwo i krajobraz, wyd. ZZJPK, Kraków, 1997, .