Objawy i przebieg Okres inkubacji trwa od 3 do 6 dni. W większości przypadków dochodzi do rozwoju łagodnej postaci choroby, której objawami są: gorączka, dreszcze, ból głowy, ból pleców, zmęczenie, utrata apetytu, bóle mięśni, nudności i wymioty. W tym przypadku objawy utrzymują się od około 3 do 4 dni. W 15% zakażeń chorzy wchodzą w drugą, toksyczną fazę choroby z nawracającą gorączką, żółtaczką wywołaną uszkodzeniami wątroby i bólem brzucha. Często występują krwawienia z jamy ustnej, oczu i przewodu pokarmowego mogące wywołać krwawe wymioty i doprowadzić do wstrząsu (stąd hiszpańska nazwa tej choroby, vomito negro, czyli czarne wymioty). Może pojawić się czkawka, delirium oraz ostra niewydolność nerek, poza tym nie występują trwałe uszkodzenia narządów.
Rokowanie mały|Obraz "Epizod żółtej febry w Buenos Aires" autorstwa urugwajskiego malarza Juana Manuela Blanesa, przedstawiający jedną z ofiar Historyczne źródła podawały śmiertelność w przedziale 1 na 17 przypadków (5,8%) i 1 na 3 przypadki (33%). Broszura WHO na temat żółtej febry zaktualizowana w 2001 podaje, że połowa pacjentów wchodząca w fazę toksyczną umiera w ciągu 10–14 dni, a reszta zdrowieje.