W drugim sezonie (2006) gry zagrał jedynie w 11 meczach. Spowodowane było to kontuzją odniesione podczas jednego z meczów. Mimo tego zdobyła 10 bramek i dwukrotnie asystowała. W trzecim sezonie (2007) również zagrała w ograniczonej liczbie spotkań. Powodem była kontuzja więzadła krzyżowego. Zagrała jednak w dwóch meczach. W sezonie 2008 po raz ostatni zagrała w rozgrywkach uniwersyteckich, grając w 22 spotkaniach. Z powodu występującej wcześniej kontuzji mogła grać w rozgrywkach NCAA, jednakże zdecydowała się na udział w drafcie ligi Women’s Professional Soccer, a następnie grę w tych rozgrywkach.
Rapinoe zdobyła 88 punktów w rozgrywkach dla Portland Pilots (30 bramek, 28 asyst) jest to 10. wynik w historii uczelni mimo rozegrania jedynie 60 spotkań.
Od 2002 do 2005 grała w zespole Elk Grove Pride, w którym przez cztery lata zdobyła 25 bramek. W 2009 roku została wybrana jako druga zawodniczka draftu ligi WPS przez Chicago Red Stars. W inauguracyjnym sezonie 2009 w 18 spotkaniach (17 w pierwszym składzie) zdobyła dwie bramki i trzy asysty. Została również wybrana do drużyny gwiazd ligi WPS. W sezonie 2010 zmagała się z chorobą, jednak wystąpiła w 20 meczach, zdobywając jedną bramkę w ostatnim meczu sezonu zasadniczego.