II wojna światowa W okresie II wojny światowej i okupacji niemieckiej w Warszawie Kazimierz Lisiecki nie przerywał pracy pedagogicznej i działalności wychowawczej. Z przedwojennych Ognisk działały jedynie te przy ul. Długiej 13 i Środkowej 9 w Warszawie. Działalność Ognisk w tym czasie polegała nie tylko na ochronie zdrowia dzieci, prowadzono tam również tajne nauczanie, kształtowano postawy patriotyczne i wzmacniano tożsamość narodową. W czasie powstania warszawskiego Towarzystwo przeżywało tragiczne momenty. Lisiecki tworzył na potrzeby powstańcze „Legię Akademicką”, do której ściągał wychowanków z całej Polski. Z 350 jej członków walki przeżyło, jak się szacuje, jedynie ok. dwudziestu członków. Po upadku powstania wraz z wychowankami został wywieziony do miejscowości Giełzów w województwie kieleckim, gdzie do marca 1945 r. działało „Ognisko na wygnaniu”.
Po II wojnie światowej W 1945 Lisiecki powrócił do Warszawy i w ocalałym Ognisku na Pradze organizuje pomoc dla sierot wojennych. Ówczesne władze przydzieliły mu kilka domów w Świdrze, gdzie znalazły schronienie kolejne dzieci i młodzież – ofiary wojny.