Meeks świetnie rozpoczął trzeci i jak się później okazało ostatni sezon w drużynie. W spotkaniu otwierającym sezon przeciwko Virginia Military Institute zdobył 39 punktów, ale jego zespół przegrał 103-111. Dwa tygodnie później w meczu przeciwko Kansas State Wildcats zdobył 37 punktów. 20 grudnia pobił swój rekord kariery, zdobywając 46 punktów przeciwko drużynie Appalachian State. Jednocześnie wyrównał rekord Tony'ego Delka w liczbie celnych rzutów za trzy punkty w jednym meczu - 9. 13 stycznia 2009 pobił rekord uczelni, zdobywając 54 punkty w meczu przeciwko Tennessee Volunteers. Tym razem też pobił rekord Delka, trafiając 10 razy za 3 punkty.
Został jednomyślnie wybrany do pierwszej drużyny konferencji. Associated Press wybrało go do drugiej drużyny w całym kraju.
NBA 7 kwietnia 2009 ogłosił, że zgłasza się do draftu NBA. Jednak nie zatrudnił agenta, dzięki czemu ewentualnie mógłby wrócić na uczelnię. 28 maja w jednym z wywiadów powiedział, że chce trafić do NBA w pierwszej rundzie, a jeśli to mu się nie uda, to wróci do Kentucky.
Ostatecznie jednak z tego zrezygnował i 25 czerwca 2009 został wybrany z 41. numerem przez Milwaukee Bucks.