Najprawdopodobniej w czasie powstania styczniowego używał pseudonimu Kołaczkowski (używanie pseudonimu od nazwiska panieńskiego matki było wtedy powszechnym zwyczajem), w 1873 roku zmienił oficjalnie nazwisko na Kołączkowski (z „ą” zamiast „a”).
Po ukończeniu studiów początkowo mieszkał w Nowym Sączu, gdzie był ordynatorem szpitala. W 1875 roku przeniósł się do Szczawnicy i rozpoczął praktykę w tym uzdrowisku. Jednocześnie praktykował w zakładach wodoleczniczych w Kautenleutgeben pod Wiedniem, Zurychu, Dreźnie (gdzie studiował zasady dietetyki), Meranie, Berlinie i Budapeszcie (w klinikach tych ostatnich dwóch miast studiował internę).
W 1876 roku zawiązał spółkę z 3 córkami Józefa Gawrońskiego: pannami Marią (późniejszą Biernacką), Wiktorią (późniejszą Stillmanową) i Felicją Gawrońskimi. Spółka dokończyła budowę pierwszego swojego domu, który nazywany był wtedy „Murowańcem”, a obecnie jest to willa „Marta”.