W 1914 roku Moraitinis został jednym z trzech pierwszych ochotników z greckiej floty, którzy odbyli kurs pilotażu. 22 września 1914 roku otrzymał brytyjską licencję pilota nr 1087. W tym samym roku doprowadził do utworzenia akademii lotnictwa morskiego oraz pierwszych greckich zakładów lotniczych. W pierwszym okresie wojny Grecja pozostawała neutralna na skutek polityki króla Konstantyna I. W jego konflikcie z popierającym ententę premierem Elefteriosem Wenizelosem Moraitinis opowiedział się po stronie proalianckiej. Od ostatnich miesięcy 1916 roku dołączył do wojsk wiernych rządowi tymczasowemu w Salonikach, a 9 marca 1917 roku odbył pierwszy lot bojowy nad pozycjami bułgarskimi.
31 marca przeprowadził śmiały nocny atak na lotnisko przeciwnika oraz stację kolejową w Dramie, wywołując znaczne zniszczenia obu obiektów. W maju dowodzony przez niego dywizjon został zreorganizowany jako część 2. skrzydła Royal Naval Air Service, operującego na froncie macedońskim. Jednocześnie Brytyjczycy przekazali Grekom samoloty Sopwith 1½ Strutter i Sopwith Camel w miejsce przestarzałych Farmanów HF.27. Po formalnym przystąpieniu Grecji do wojny po stronie państw ententy (29 czerwca 1917 roku), greccy piloci rozpoczęli działania przeciwko Turcji i jej siłom morskim stacjonującym w Dardanelach.