W XIII w. monastyr został zniszczony w czasie najazdu litewskiego. Został jednak odbudowany i funkcjonował nadal przez trzy stulecia. W 1582 polski król Stefan Batory przekazał zabudowania monastyru zakonowi jezuitów. Po zdobyciu Połocka przez wojska cara Aleksego I obiekty ponownie przejęły prawosławne mniszki, jednak w 1667, na mocy rozejmu w Andruszowie, Połock znalazł się ponownie w granicach I Rzeczypospolitej i jezuici wrócili do dawnej siedziby. W latach 1820–1832 obiektami administrował zakon pijarów. W 1832 władze carskie skasowały ich klasztor, zaś w 1841 zwróciły kompleks zabudowań klasztorowi prawosławnemu.
Od 19 kwietnia do 23 maja 1910 w monastyrze miały miejsce uroczystości przeniesienia relikwii św. Eufrozyny, które znajdowały się do tej pory w kijowskiej ławrze Peczerskiej. W 1915 wspólnota udała się na bieżeństwo, zabierając ze sobą relikwie. Mniszki udały się ponownie do Połocka w 1921, wtedy też przywiozły ze sobą relikwie założycielki monastyru. Już w roku następnym, w ramach akcji otwarcia relikwii zainicjowanej przez władze bolszewickie, szczątki mniszki zostały zarekwirowane i umieszczone w muzeum archeologicznym w Witebsku, gdzie znajdowały się do 1940.