W 1937 roku otrzymuje ona obecną nazwę, Nowosybirskiego Państwowego Krajoznawczego Muzeum i od tej pory jego jurysdykcja ma koncentrować się na ziemiach nowo utworzonego obwodu nowosybirskiego. Od 1939 roku prezentuje wystawy związane z etnografią i historią naturalną. W 1940 roku w rejonie koczeniewskim odnaleziony zostaje kompletny szkielet mamuta, w którego odkryciu i zabezpieczeniu brali udział pracownicy muzeum. Zostanie on zrekonstruowany i po wojnie zostanie wystawiony w siedzibie muzeum, stając się jednym z jego najcenniejszych eksponatów.
Po ataku Niemiec na ZSRR w 1941 roku Nowosybirskie Muzeum Krajoznawcze zostaje zamknięte, jego obiekty wykorzystywane były w celu wzmocnienia sowieckiego wysiłku wojennego, a pracownicy oddelegowani do innych prac. Placówka została ponownie otwarta w 1947 roku, a pierwsza wystawa poświęcona była wielkiej wojnie ojczyźnianej. W 1949 roku otwarto nowy oddział, znany jako Muzeum Kirowa. W latach pięćdziesiątych i sześćdziesiątych pracownicy muzeum skupiają się na gromadzeniu, katalogowaniu i prezentowaniu eksponatów związanych głównie z etnografią, archeologią i historią tych ziem. Nowe eksponaty pozyskiwane były głównie w wyniku ekspedycji naukowych oraz prac wykopaliskowych prowadzonych na terenie obwodu nowosybirskiego.