W czasie wielkiej wojny ojczyźnianej na front wyruszyło więcej niż 90 pracowników i studentów instytutu. W czasie wojny Instytut Pedagogiczny został przeniesiony do Kołpaszewa, leżącego w obwodzie tomskim. Warunki były ciężkie, miasto nie miało połączenia kolejowego, a transport odbywał się po rzece Ob. Po dwóch latach, w 1943 roku, uczelnia powraca do Nowosybirska. W 1945 roku otwarty zostaje Wydział Języków Obcych, gdzie naukę pobierać można było na dwóch specjalnościach, niemieckiej i angielskiej. Na uczelni funkcjonuje także Wydział Marksizmu i Leninizmu.
Dopiero w 1968 roku rozpoczęła się budowa nowoczesnego kompleksu budynków dla Nowosybirskiego Instytutu Pedagogicznego, gdzie mógłby wreszcie znaleźć on siedzibę w komfortowych warunkach. W tym samym roku zaczęła ukazywać się uniwersytecka gazeta. Nowa siedziba została ukończona w 1975 roku, swe miejsca oprócz wszystkich wydziałów znalazły tam także akademiki, stołówki, hale sportowe, stadion, lodowisko do gry w hokeja oraz obiekt do uprawiania narciarstwa. W tym samym roku uruchomione zostają Wydziały Sztuki, a w kolejnych latach struktura uczelni powiększała się. W 1985 roku zostaje ona odznaczona Orderem Czerwonego Sztandaru Pracy.