Po uzyskaniu niezbędnego sprzętu i dopełnieniu formalności Nowosybirski Instytut Rolniczy zaczął oficjalną działalność 1 września 1936 roku. W pierwszym roku działalności zatrudniał 18 profesorów, a w swe mury przyjął 167 studentów. W 1940 roku liczba pracowników naukowych przekroczyła 40 osób, a w instytucie naukę pobierało już 440 studentów. Normalną pracę badawczo-edukacyjną przerwał atak III Rzeszy na ZSRR w 1941 roku. Na front wyruszyło łącznie 160 osób związanych z instytutem, zarówno pracowników jak i studentów, a śmierć poniosło 21 osób. Ich imiona wyryte są na specjalnej tablicy pamiątkowej umieszczonej w uniwersyteckim muzeum. W 1944 roku instytut otrzymał nowe budynki, dzięki którym mógł się lepiej rozwijać w okresie powojennym.
Od 1945 roku by sprostać nowym warunkom, w których młodzi ludzie musieli dzielić studia z pracą nad powojenną odbudową sowieckiej gospodarki, powołano do życia Wydział Studiów Zaocznych. Instytut rozpoczął też organizować kursów doszkalających i podnoszącym kwalifikację osobom zatrudnionym na różnych stanowiskach w rolnictwie, która to działalność przetrwała do dziś pod postacią Wydziału Podwyższania Kwalifikacji. W 1950 roku oddano do użytku kolejne nowe budynki uniwersyteckie oraz akademik dla studentów i pracowników naukowych.