Klany samurajów z zachodniej części kraju, głównie z domen: Satsuma, Chōshū i Tosa, w sojuszu z oficjelami dworskimi i cesarzem Kōmei (1831–1867), a po jego śmierci z Mutsuhito (1852–1912), tworzyły początkowo alianse z siogunatem. Siogun Yoshinobu Tokugawa, zdając sobie sprawę z napięć, złożył swój urząd, zwracając władzę cesarzowi Mutsuhito, jednocześnie mając nadzieję, że rodzina Tokugawów przetrwa i wejdzie do przyszłego rządu.
Jednakże militarne posunięcia wojsk cesarskich i działania stronników cesarza w Edo (ob. Tokio), pozbawiające przywilejów ród Tokugawów, zmusiły Yoshinobu do ustawienia armii przed Pałacem Cesarskim w Kioto, co spowodowało wybuch walk. Jednak w momencie ich rozpoczęcia Yoshinobu uciekł i wycofał się z dalszych działań, nadal prowadzonych przez jego zwolenników. Mniejsza, lecz nowocześniej wyposażona frakcja cesarska po serii bitew, zakończonych sukcesem w Edo, zmusiła Yoshinobu do poddania się. Stronnicy rodu Tokugawa uciekli na północ wyspy Honsiu (Honshū) w region Tōhoku, a następnie na Hokkaido, zakładając Republikę Ezo (Ezo Kyōwakoku, styczeń–czerwiec 1869). Porażka w zatoce Hakodate złamała ostatnie siły zwolenników bakufu i przywróciła władzę cesarza.