Przyczynił się do powstania Muzeum Archeologicznego, Muzeum Sztuk Pięknych oraz Centrum Sztuki w Grenadzie. Od 1866 r. działał w Komisji Opieki nad Zabytkami (Comisión de Monumentos), przyczyniając się m.in. do ważnych odkryć archeologicznych w Medina Elvira.

We wrześniu 1890 r. poważny pożar zniszczył część Alhambry, grenadyjskiego zespołu pałacowego. Gómez-Moreno aktywnie starał się o fundusze na renowację obiektu. Nie było to łatwe, gdyż musiał przeciwstawić się środowisku artystycznemu uważającemu Alhambrę za symbol dekadencji, a nie wyjątkowy zabytek z epoki Nasrydów. W 1904 r. udało mu się przekonać króla Alfonsa XIII aby wspomógł renowację i został przez niego mianowany dyrektorem zabytku. Ze względu na swój podeszły wiek i stan zdrowia, Gómez-Moreno obawiał się, że nie sprosta zadaniu. Z pomocą przyszedł mu syn, archeolog i historyk Manuel Gómez-Moreno Martínez. W przeciwieństwie do wcześniejszych zabiegów restauracyjnych, dzięki ich pracy udało się wiernie zachować XIV-wieczny charakter budowli.

W 2012 r.