W kolejnych etapach wojny domowej doszło do licznych podziałów ugrupowania ze względu na napływ radykalnych islamistów do Syrii.
5 września 2012 w Antiochii doszło do zjazdu liderów grup powstańczych, którzy postanowili powołać zawodowe i zunifikowane siły zbrojne, których trzon stanowili dezerterzy, w tym ponad stu oficerów i 47 generałów. W związku z tym ogłoszono projekt utworzenia Narodowej Armii Syryjskiej (NAS), zrzeszającej różne grupy bojowe z Wolną Armią Syrii na czele, która jednak zgłosiła zastrzeżenia co do nowej nazwy formacji. Narodowa Armia Syrii miała być całkowicie podporządkowana władzom opozycyjnym z Narodowej Rady Syryjskiej. Nowa formacja militarna miała skupić w swych szeregach wszystkie jednostki, niezależnie od orientacji politycznej. W połowie września 2012 Wolna Armia Syrii ogłosiła, iż centrum dowodzenia rebelii zostało przeniesione do Syrii, na ziemie kontrolowane przez opozycjonistów. Był to krok ku zjednoczeniu grup bojowych.