Kościół był odnawiany jeszcze wielokrotnie w XIX i XX wieku, a jedna z większych renowacji odbyła się w 1862 roku i obejmowała przebudowę wieży kościelnej.
W 1773 r. zakon jezuitów został rozwiązany. Rezydencja jezuitów w Cieszynie została sprzedana, gimnazjum przejęło państwo, kościół św. Krzyża zamieniono na kościół gimnazjalny. Jego nadzorcą został ks. Szersznik, który w 1782 r. zasklepił wnętrze i wzniósł wieżę z hełmem, zwieńczonym ośmioboczną latarnią. Kierował też odbudową kościoła po pożarze w 1789 r. W 1794 r. ufundowano nowy ołtarz według projektu Andreasa Kaspara Schweigla (obecnie bez nadstawy). Według jego projektu powstały zapewne, także dwa boczne ołtarze oraz ambona. Wzniesiono też późnobarokowy chór.
Kościół należał do 2005 r. do parafii św. Marii Magdaleny. Następnie został wydzierżawiony zakonowi franciszkanów, którzy prowadzą dom rekolekcyjny w sąsiednim budynku dawnego klasztoru jezuitów. Klasztor franciszkanów i kościół należą obecnie do Prowincji Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny Zakonu Braci Mniejszych w Katowicach.