W czasie ucieczki Cole zostaje złapany przez Moyę, agentkę FBI, która zleca mu zadanie odnalezienia jej męża Johna, który miał przeniknąć do organizacji zwanej „Synami Pierworodnymi”.
W czasie swojej misji Cole spotyka wiele postaci obdarzonych niezwykłymi umiejętnościami, takich jak Sasha, Alden czy Kessler. Walczy ze stworzonymi przez nich organizacjami, by odnaleźć Johna oraz Kulę Promieni, która wywołała całe zamieszanie. W trakcie rozwoju fabuły okazuje się, że Kessler stoi na czele „Synów Pierworodnych”, z których wyrzucił przed laty Aldena.
W trakcie walki z Aldenem przyjaźń Zeke’a i Cole’a wystawiona jest na ciężka próbę w momencie, gdy ten pierwszy goniący za mocą podobną do tej MacGratha aktywuje Kulę Promieni nie zważając na to co może się stać. Na szczęście Kula Promieni nie wybucha i zabiera ją Kessler.
Cole ponownie zbliża się do Trish w momencie, gdy ta zostaje porwana przez Kesslera wraz z grupą lekarzy i naukowców. Cole musi wybierać pomiędzy ratowaniem swojej ukochanej a ludźmi, którzy mogą pomóc ocalić miasto przed całkowitą anarchią. Niezależnie od wyboru, Trish ginie, a rozwścieczony Cole podąża za Kesslerem.